ซีรีส์กันดั้มที่มีความนิยมมากที่สุดตลอด 20 ปี  เมื่อจบสงครามในโลก ถึงเวลาพิทักษ์โลกจากผู้รุกรานต่างดาว มันทะลุจอ กับการต่อสู้ครั้งสุดท้าย ของเซเลสเชียล บีอิ้ง และเซสสึนะ เอฟ เซย์เอย์ ชายผู้เป็นความหวังเดียวของโลกที่จะใช้สุดยอดกันดั้มในการจบสงครามครั้งนี้            คริสต์ศักราชที่ 2314 สองปีหลังจากที่เซเลสเชียล บีอิ้ง กองกำลังทหารเอกชนที่ครั้งหนึ่งเคยออกมากำจัดทุกกองกำลังติดอาวุธทั่วโลก จนทำให้โลกทั้งใบประสานใจเพื่อรับมือพวกเขา ก่อนที่กองกำลังทหารเอกชนแห่งนี้จะกลับมาอีกครั้ง เพื่อจัดการกับกลุ่มบุคคลที่ชักใยโลกให้เกรงกลัวต่อกองกำลังโมบิลสูท จนทำให้มนุษย์ทุกคนกลับมามีอิสรภาพอย่างแท้จริงอีกครั้ง เพื่อเตรียมตัวรับมือการพูดคุยครั้งใหม่ที่หลายคนเชื่อว่ากำลังจะเกิดขึ้น แต่กลายเป็นว่ามีภัยครั้งใหม่ที่พุ่งเข้ามาสู่โลกอย่างกะทันหัน เมื่อมีสิ่งมีชีวิตลึกลับตกลงมาบนโลกและกลายเป็นสัญญาณที่ระบุว่าสิ่งมีชีวิตจากต่างดาวที่ถูกเรียกว่า เอลส์ (ELS) จำนวนมหาศาลเกินจะนับได้ กำลังเคลื่อนตัวเข้ามาที่โลก มิหนำซ้ำเหล่า ELS ยังรู้จักเพียงแค่การกัดกินและหลอมรวมตนเองเข้ากับสิ่งมีชีวิตอื่นเท่านั้น และมีเวลาอีกราวสามเดือนก่อนที่พวกมันจะเดินทางมาถึงโลก            ซึ่งถ้าไม่สามารถรับมือพวกมันได้โลกมนุษย์ทั้งใบจะต้องตกเป็นเหยื่อของเหล่า ELS เท่านั้นด้วยเวลาที่เหลืออยู่ไม่มากนัก เซ็ตสึนะ เอฟ เซย์เอย์ กับสหายร่วมรบทั้งจากเซเลสเชียล บีอิ้ง และกองกำลังจากกองทัพโลกต้องมารวมตัวกันเพื่อรับมือภัยครั้งใหม่ ทั้งยังต้องหาทางพูดคุยกับสิ่งมีชีวิตที่ไม่รู้จักเรื่องใดนอกจากการกลืนกินเพื่ออนาคตที่กำลังจะมาถึง